Я делаю так. Устанавливаю игру на диск по умолчанию. После установки игры делаю ее архив, для установки других модов или чтобы иметь чистую версию игры. Локализация игры от НД не позволяет еще раз сделать установку. Игра у меня по умолчанию имеет такой путь " C:\ Program Files\Новый диск\Freelancer. Папку Freelancer я меняю на Freelancer_ORION. На диске С: у меня для временной работы с файлами и архивами созданы две папки TEMP и TMP. Архив с модом я распаковываю в папку TEMP. После распаковки полученные папки DATA, DLLS, EXE переношу в папку с игрой. На запрос о замене файла даю замену существующих файлов. Потом устанавливаю flgls-v0.9Beta. На этом этапе я несколько раз наступал на одни и те же грабли. Программа просить указать путь до игры по умолчанию это " C:\Program Files\Microsoft Games\Freelancer" меняя его, я и допускал ошибку по не внимательности. Указываю путь до папки с игрой, в итоге у меня получалось так " C:\ Program Files\Новый диск\Freelancer_ORION\ Freelancer"  И я спокойно жал на продолжение. В результате серверов не видел, не обходимые файлы не обновлялись, а в папке с игрой появлялась еще одна папка Freelancer. Поэтому я указываю путь до папки TEMP. В папке TEMP у меня появляется папка Freelancer, а в ней папка EXE. Папку ЕХЕ я копирую в каталог с игрой. Установка патчера идет прямо в каталог с игрой. 
Мод менеджер я не использую, при игре на нескольких серверах может возникнуть неприятная ситуация в связи с тем, что мод менеджер не всегда корректно удаляет файлы предыдущего мода. Процедура установки такая же.